Contexte

Le développement de méthodes de lutte contre des maladies foliaires à dispersion aérienne nécessite une bonne compréhension de la dynamique de populations pathogènes et ce à différentes échelles spatiales. Les contraintes réglementaires visant à la réduction des pesticides, la création par le CIRAD d’hybrides de bananiers résistantes aux cercosporioses et le nouveau contexte phytosanitaire aux Antilles françaises (suite à l’arrivée de la cercosporiose noire en Martinique fin 2010) nécessitent le développement rapide de méthodes de lutte nouvelles et respectueuses de l’environnement contre les cercosporioses des bananiers. Compte-tenu de la lourdeur et durée des expérimentations sur bananiers, de la non-utilisation de variétés résistantes aux Antilles et de la méconnaissance de l’effet du dispositif de plantation dans le contrôle des maladies, le développementde modèles pour décrire la dynamique de populationsdevient un outil indispensable pour concevoir des méthodes de contrôle des cercosporioses à base de variétés résistantes.

 Objectifs

Le sujet de doctorat a pour but le pilotage des variétés hybrides et plus précisément, il a pour but de déterminer les caractéristiques agronomiques (telles que la résistance variétale caractérisée par différentes composantes) et paysagères (mosaiques ou mélanges variétaux de variétés sensibles et résistantes) pour un contrôle efficace des cercosporioses.

L’objectif de la thèse est de mieux comprendre la dynamique des populations pathogènes à différentes échelles spatiales en fonction de la structure paysagère. Le cas particulier de la cercosporiose noire (en compétition avec l’espèce fongique native) sera étudiée pour prédire la date de fin d’invasion de cette maladie en Martinique.

 Démarche scientifique

Le doctorat portera sur le développement d’outils de modélisation d’une épidémie foliaire (les cercosporioses)  de culture pérenne tropicale (bananiers) à 2 échelles spatiales : la plante et la parcelle/îlots de parcelles.

Les modèles seront des modèles de simulation des épidémies de type mécaniste, en temps discret et basés sur les différentes étapes du cycle infectieux.Le premier modèle décrit sans spatialisation le développement épidémique des cercosporioses. Le deuxième modèle sera spatialisé en couplant une représentation de l’espace en lattices et une fonction de dispersion des spores (déjà acquise par ailleurs).

Les paramètres des modèles seront estimés par une approche bayésienne.

La thèse s’appuiera sur des jeux de données disponibles à l’échelle de la plante et de la parcelle pour le calibrage et la validation des modèles. Des données de compétition entre les 2 espèces de cercosporioses devront être acquises en Martinique dans le cadre de cette thèse.

Co-endrants : Jean Vaillant (HDR), LAMIA, UAG-Pointe-à-Pitre, Catherine Abadie, UMR BGPI- CIRAD Guadeloupe et François Bonnot, UMR BGPI- CIRAD Montpellier